ГИС ЭПД и статья 54.1 НК РФ: что проверить в логистике до требования налоговой инспекции

В статье:

1. Какие сведения о перевозке становятся доступными для налогового контроля после перехода на ЭПД.
2. Какие расхождения между УПД, договорами и транспортными документами являются нормальной хозяйственной практикой, а какие требуют дополнительного документального обоснования.
3. Что проверить в логистической цепочке до получения требования налоговой инспекции. 

Что изменилось с 1 сентября 2026 года

С 1 сентября 2026 года ряд перевозочных и экспедиторских документов оформляется в электронной форме: транспортная накладная, заказ и заявка на автомобильную перевозку, поручение экспедитору, экспедиторская и складская расписки. Для отдельных случаев законодательство сохраняет бумажный формат, однако общий режим изменился: транспортный документооборот последовательно переходит в электронную среду.

Для участников перевозочного процесса это означает работу через оператора информационной системы электронных перевозочных документов. Для налогового контроля значение изменений шире: сформированные документы и содержащиеся в них сведения передаются в государственную информационную систему электронных перевозочных документов — ГИС ЭПД.

ГИС ЭПД действует с 2022 года, и доступ ФНС России к сведениям системы сам по себе не является новшеством сентября 2026 года. Изменился масштаб: обязательный электронный формат охватил более широкий круг документов, поэтому у инспекции становится больше данных, которые при необходимости можно сопоставить с договорами, УПД, счетами-фактурами, платежами и пояснениями налогоплательщика.

Для компании с реальной и последовательно оформленной поставкой это, скорее, дополнительное подтверждение фактического движения товара. Вопросы возникают там, где договорная и учетная модель сделки заметно расходится с тем, что отражено в перевозочных документах.

Бумага после 1 сентября: что осталось

Обязательный электронный формат действует с 1 сентября 2026 года, дополнительного переходного периода закон не установил. Одновременно Минтранс сообщил о нештрафуемом периоде до 1 марта 2027 года: предъявление бумажного документа вместо обязательного электронного в этот период не должно повлечь штраф, однако дата перехода не переносится. Бумажная форма сохраняется только в специальных случаях, установленных Минтрансом.

Для обычной коммерческой перевозки, при которой требуется транспортная накладная, дублировать ЭТрН отдельным бумажным «оригиналом для бухгалтерии» не нужно. Минтранс указывает, что смешанный документооборот по одной перевозке не предусмотрен, а ФНС относит отсутствие необходимости пересылать бумажный оригинал транспортной накладной к преимуществам нового порядка. Путевой лист при этом по-прежнему может оформляться как на бумаге, так и в электронной форме.

Здесь важно разделять форму документа и саму обязанность его составлять. Если компания перевозит собственный груз собственным транспортом без договора перевозки, транспортная накладная не оформляется, а значит, не возникает и обязанности формировать ЭТрН. Исходным вопросом остается не наличие бумаги «на всякий случай», а правовая модель конкретной перевозки.

Сложная логистика сама по себе не означает налогового нарушения

В хозяйственной практике перевозка товара далеко не всегда ограничивается отношениями продавца, покупателя и одного перевозчика. Поставщик может находиться в одном регионе, товар — храниться на складе другой организации, доставку организует экспедитор, фактический перевозчик привлекается им отдельно, а по пути груз проходит через промежуточный терминал или распределительный склад. Последний участок до конечного получателя иногда выполняется уже другим транспортным средством и другим перевозчиком.

Для современной логистики такая конструкция вполне обычна. Поставщик, фактический грузоотправитель, экспедитор, перевозчик, владелец промежуточного склада и конечный грузополучатель могут быть разными лицами; само количество участников не свидетельствует о налоговом нарушении.

Проблема начинается тогда, когда компания не может документально объяснить, почему в перевозке участвовали именно эти лица, кто кого привлек, на каком основании товар оказался на определенном складе и как один этап доставки связан со следующим. При разрозненном документообороте такие несоответствия выявлялись сложнее. ГИС ЭПД делает логистическую цепочку более прозрачной, поэтому согласованность транспортных, договорных и налоговых документов приобретает дополнительное значение.

Как транспортные документы пересекаются со статьей 54.1 НК РФ

Пункт 1 статьи 54.1 НК РФ не допускает уменьшения налоговой базы или суммы подлежащего уплате налога в результате искажения сведений о фактах хозяйственной жизни и объектах налогообложения, подлежащих отражению в налоговом и (или) бухгалтерском учете либо налоговой отчетности.

В споре о реальности поставки одного формально оформленного комплекта документов недостаточно: налоговый орган оценивает, происходила ли хозяйственная операция в действительности, кто ее исполнял и соответствует ли отраженная в учете модель фактическим обстоятельствам.

Здесь важно не смешивать разные обязательства. Критерий фактического исполнителя из подпункта 2 пункта 2 статьи 54.1 НК РФ применяется к тому обязательству, которое проверяется: при покупке товара оценивается исполнение поставки, при приобретении транспортных или экспедиционных услуг — соответствующая услуга. Поэтому участие отдельного перевозчика, экспедитора или склада само по себе не означает, что поставку исполнил не заявленный продавец. Одновременно должны соблюдаться условия соответствующей главы НК РФ, в том числе правила применения вычета НДС.

Предположим, организация заявляет вычет НДС по приобретенному товару и представляет договор, УПД, счет-фактуру, платежные документы и акт сверки. На первый взгляд комплект выглядит достаточно убедительно. Однако если у инспекции возникает сомнение в реальности операции, закономерно встает вопрос о физическом движении товара: откуда он был отгружен, кто его перевозил, на каком транспортном средстве, где он выгружался и кто его принял.

Инспекция выясняла эти обстоятельства и раньше: истребовала транспортные накладные и путевые листы, направляла запросы перевозчикам и складам, допрашивала водителей, анализировала пропускной режим. Электронные перевозочные документы этих мероприятий не отменяют, но теперь значительная часть сведений о движении груза формируется и передается в ГИС ЭПД уже в ходе оформления перевозки.

Сведения ЭТрН сами по себе не подтверждают нарушение статьи 54.1 НК РФ. Их значение проявляется в совокупности с другими доказательствами: расхождение между заявленной хозяйственной моделью и фактической логистикой может потребовать дополнительного объяснения. И наоборот, если данные ЭПД последовательно подтверждают движение товара от первоначальной отгрузки до конечного получателя, такая цепочка способна существенно укрепить позицию налогоплательщика в споре о реальности операции.

Пункт 3 статьи 54.1 НК РФ отдельно устанавливает, что налоговые нарушения контрагента и подписание первичных документов неустановленным или неуполномоченным лицом не могут сами по себе служить основанием для отказа. Это, однако, не отменяет проверки фактического содержания и исполнения операции.

На дату подготовки материала устойчивая судебная практика, в которой суды оценивали бы сведения ГИС ЭПД нового обязательного режима во взаимосвязи со статьей 54.1 НК РФ, еще не сформирована. Поэтому задача статьи не в обобщении судебных подходов, а в том, чтобы заранее увидеть расхождения между документами и фактической логистикой, которые впоследствии могут стать предметом налогового контроля.

Почему продавец и грузоотправитель могут не совпадать

Одна из наиболее распространенных ситуаций — товар продает одна организация, а фактическая отгрузка производится со склада другой. Само по себе такое несовпадение не является признаком фиктивной сделки и вполне укладывается в обычную хозяйственную практику.

Товар может находиться на ответственном хранении, на складе логистического оператора, на арендованной территории, у изготовителя, на перевалочном терминале либо у иного лица в рамках транзитной схемы поставки.

Поэтому появление в электронном перевозочном документе лица, которое не является продавцом по договору, еще не свидетельствует о проблеме. Для налоговой оценки важнее понять, почему товар находился именно у этого лица и на каком основании оно передало его перевозчику.

Договор хранения, складского обслуживания, аренды или иной документ может объяснить такую модель, если его содержание соответствует реальному участию сторон. То, что пояснение подготовлено уже после требования инспекции, не делает его недостоверным; слабое место возникает, когда участие третьего лица не подтверждается документами и фактическими обстоятельствами. ЭПД в данном случае не создает новый налоговый критерий, а позволяет раньше увидеть уже существующий пробел в оформлении сделки.

Экспедитор и фактический перевозчик — не одно и то же

Отдельного внимания заслуживают отношения транспортной экспедиции. На практике нередко встречается ошибочное представление о том, что организация, принявшая на себя обязательство организовать доставку груза, обязательно должна быть указана в транспортной накладной как перевозчик.

Для экспедиционной модели это не всегда так. Экспедитор может организовать перевозку, не располагая собственным транспортом, и привлечь для выполнения конкретного рейса самостоятельного перевозчика. В таком случае клиент взаимодействует с экспедитором, а непосредственную перевозку выполняет другое лицо.

Такая схема сама по себе обычна для транспортной экспедиции. Напротив, попытка указать экспедитора перевозчиком только ради совпадения наименований в документах может исказить фактическую модель перевозки.

При проверке важно не совпадение названий организаций, а понятная последовательность отношений: кто является клиентом экспедитора, вправе ли экспедитор привлекать третьих лиц, кто фактически выполнял перевозку, на каком основании и как этой модели соответствуют расчеты. Если цепочка подтверждается документально, участие нескольких исполнителей не создает самостоятельной налоговой проблемы. Если же фактический перевозчик есть, но его появление невозможно объяснить договорными отношениями, такой участок закономерно потребует более подробной проверки.

Отсутствие у покупателя копии договора между экспедитором и перевозчиком и отсутствие правового основания самой перевозки — разные обстоятельства. Из статьи 54.1 НК РФ не следует универсальная обязанность налогоплательщика хранить у себя весь договорный и расчетный комплект привлеченных исполнителей. Однако спорный участок цепочки должен иметь понятное правовое и фактическое основание, которое при необходимости можно подтвердить.

Промежуточный склад и перевалка груза

Еще одна распространенная ситуация связана с использованием промежуточного склада. Межрегиональная доставка нередко предполагает, что груз сначала перевозится одним транспортом до распределительного или перевалочного пункта, затем разгружается, при необходимости временно размещается и уже после этого передается следующему перевозчику.

Право собственности на товар к владельцу промежуточного склада переходить не обязано. В то же время само указание владельца склада в транспортных документах не делает сведения о его участии безусловно достоверными: их необходимо соотносить с фактическими обстоятельствами и другими документами.

Участие склада должно иметь понятное юридическое основание. В зависимости от модели это может быть договор хранения, складского обслуживания, аренды, погрузочно-разгрузочных работ, перевалки либо иной договор, соответствующий фактическим отношениям сторон.

На практике проблема часто заключается не в фиктивности операции, а в недостаточном оформлении ее отдельных этапов. Товар реально приехал на склад, был выгружен, затем погружен в другую машину и отправлен дальше, однако документы не объясняют, почему груз оказался именно там и какое отношение владелец склада имел к этой операции.

При разрозненном документообороте такой пробел выявить сложнее. Электронная цепочка делает его заметнее, поскольку в документах последовательно отражаются места погрузки и выгрузки, фактические перевозчики и участники передачи груза.

На какие расхождения стоит обратить внимание заранее

Проверять транспортную цепочку лучше до того, как вопросы возникнут у инспекции. Для внутренней проверки я бы выделил три группы обстоятельств, которые требуют особого внимания.

Первая — расхождения между участниками сделки и перевозки. Если продавец, грузоотправитель, экспедитор и перевозчик являются разными лицами, стоит заранее понимать, чем объясняется участие каждого из них. Само несовпадение допустимо; проблема возникает, когда в транспортной цепочке появляется лицо, которому невозможно найти место в заявленной договорной модели.

Вторая группа — расхождения в маршруте. Договор может предполагать один маршрут, а фактическая доставка проходить через промежуточный склад, другой регион или распределительный центр. Причины бывают вполне обычными: консолидация грузов, перевалка, использование логистического терминала, изменение условий доставки. Существенное отклонение маршрута должно иметь объяснение, подтверждаемое фактическими обстоятельствами и документами.

Третья и, на мой взгляд, наиболее чувствительная ситуация — появление фактического перевозчика, которого нет в заявленной договорной цепочке. Вопрос инспекции в таком случае предсказуем: кто привлек это лицо, на каком основании оно перевозило товар и почему его участие не следует из документов налогоплательщика. Если ответа нет, транспортный вопрос быстро переходит в плоскость оценки реальности всей хозяйственной операции.

Для практической работы описанные ситуации можно свести к следующей матрице:

Практический смысл такой проверки — не искать формального совпадения всех документов, а заранее увидеть участок логистики, который при сопоставлении данных ГИС ЭПД с договорной и учетной моделью потребует отдельного объяснения.

Матрица не превращает любое расхождение в налоговое нарушение. ЭПД остается дополнительным источником фактических сведений и оценивается вместе с договорами, первичными документами, расчетами и другими доказательствами. Важнее не формальное совпадение реквизитов, а возможность восстановить реальное содержание операции.

Что проверить до требования инспекции

До получения требования инспекции имеет смысл проверить несколько типовых логистических цепочек: кто организует перевозку и кто фактически выполняет каждое плечо, где товар принимается и передается, на каком основании используются промежуточные склады и чем объясняется участие каждого исполнителя. Особого внимания требуют смена перевозчика, перегрузка на стороннем складе, транзит через распределительный центр и последний участок доставки другим транспортом.

Практический критерий достаточно простой: из документов и иных подтверждений должны восстанавливаться реальный путь товара и роль основных участников перевозки. Если договоры, заявки, поручения экспедитору, складские и перевозочные документы объясняют переходы между участниками и этапами, сложная логистика остается обычной хозяйственной моделью. Пояснение, подготовленное после требования инспекции, не является недостатком само по себе; проблема возникает, если оно не подтверждается документами и фактическими обстоятельствами.

Переход на ЭПД не вводит нового налогового критерия реальности сделки. Меняются прежде всего объем и доступность сведений, с которыми инспекция может сопоставить договоры, УПД, счета-фактуры и расчеты.

Предварительная проверка нужна не для искусственного совпадения всех документов, а для выявления необъяснимых разрывов между договорной моделью и фактическим движением товара. Последовательно оформленная электронная цепочка, напротив, может стать дополнительным доказательством движения товара и фактического исполнения операции.

Нормативная база и официальные разъяснения

1. Налоговый кодекс Российской Федерации, статья 54.1.
2. Федеральный закон от 30.06.2003 № 87-ФЗ «О транспортно-экспедиционной деятельности».
3. Федеральный закон от 08.11.2007 № 259-ФЗ «Устав автомобильного транспорта и городского наземного электрического транспорта».
4. Федеральный закон от 07.06.2025 № 140-ФЗ «О внесении изменений в Федеральный закон „О транспортно-экспедиционной деятельности“ и отдельные законодательные акты Российской Федерации».
5. Постановление Правительства РФ от 03.03.2022 № 281 — правила представления информации в ГИС ЭПД и технические требования к ИС ЭПД.
6. Постановление Правительства РФ от 21.05.2022 № 931 — правила обмена электронными перевозочными документами и направления сведений в ГИС ЭПД.
7. Постановление Правительства РФ от 27.04.2026 № 469 — правила обмена электронными экспедиторскими документами и направления сведений в ГИС ЭПД.
8. Приказ Минтранса России от 01.06.2026 № 262 — случаи оформления транспортной накладной, заказа и заявки на бумажном носителе.
9. Приказ Минтранса России от 03.04.2026 № 115 — случаи оформления экспедиторских документов на бумажном носителе.
10. Официальные разъяснения Минтранса России: «Общие вопросы по переходу на ЭПД»; «Автомобильные перевозки, транспортная накладная, путевой лист»; сообщения от 01.09.2026 и 09.09.2026 о переходе на обязательные ЭПД и расширении перечня бумажных исключений.
11. Письмо ФНС России от 10.03.2021 № БВ-4-7/3060@ «О практике применения статьи 54.1 Налогового кодекса Российской Федерации».

Автор статьи: Константин Соколов, налоговый консультант, член Союза «ПНК»